在此之后，大量徐州百姓开始南下淮安，而文聘亦帅大军坐镇淮安，在淮安和广陵安置不下后，数十万百姓经白马湖从水路一路南下到曲阿。
刘协正式改建业为金陵，并在建业原有城池的基础上向西重新规划金陵城的建设，他按照唐朝长安的布置模式，起草了金陵城的建设图，以秦淮河为西界，离长江百里划出北界，距离建业城十余里。
城市东西长宽各三十里，城墙高五丈六尺，底宽十步，城内以棋盘格局进行规划，东西横贯三条阔路，南北纵穿四条阔路，每路可同行十辆马车，此外另有细路百余条，内分一百零八坊。
最重要的变化是增加了水塔和下水道两大城市供水、排水体系，方便官员对用水卫生情况进行控制。
在刘协的规划中，金陵建设完全之后，还会有第二次扩建，届时将会把老的建业城融入其中，成为整个大汉最大的城市。
此时的楚地早已经在刘协的安排下掌握了煤石烧青砖的工艺，只是这种青砖较后世大了几倍，主要用于城墙建设，如今的宛城、襄阳、汝南和淮安正在用这种青砖进行改建，而金陵城所用的城砖正是这种。徐州南下的百姓以工代赈，参与金陵城的建设。
金陵城的建设规划一出来，张昭就第一个站出来阻止，他认为工程过大，几乎相当于重建一个洛阳，此时正是中原耗战之时，不宜广兴土木。
刘协与众臣道：“治略台同时要应付中原战事，一次性拿出这么多钱可能困难，那么此次出资可以由襄阳银庄按年率百分之二出贷，治略台分十五年还清，城墙建设和城内配套建筑可以按价划给商人，由商人垫付资金先建，治略台验收合格后在拨掉款项，此次金陵城的建设最首要的任务是成立两到三家商社，专门用来承接这样的土木工程，以后建设这样的城市或者海港都要首先挑选这些商社，不要再由朝廷出面组织百姓大兴土木。”
张昭道：“那这样一来，必然有很多钱流入商人手中！”
刘协微微颔首，道：“该支持下商人就支持下，不仅是城建，以后的军备物资生产、水渠建设，江湖防治的施工都可以给商人来做，只是治略台要监督好就可以了，当然也不是什么商人都可以做，商人下面有没有雇用擅长这方面工程的人才，有没有做过类似的工程，有没有足够的资金进行前期的施工，这些都是问题，治略台的钱不要先拨出去，等他做完之后，合格就给钱，不合格就让他重建，如果偷工减料直接可以定罪，要在律法中增加这些内容，要告诉那些商人，朝廷的钱不是那么好赚的！”
张昭觉得如此一来，治略台的经济压力减缓许多，同时还可以安定北方的流民，便不再反对，回去仔细安排各项事宜。
刘协从水路南下江东，到实地观察金陵城的选址，又在建业城中选好江南学府的地址，亲自在江东征募大名学士，令诸葛玄承担江南学府的筹建工作，定在明年春正式开学。