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咨议局的风波过去了，新成立的江南咨议局，得到了皇帝朱由检的高度重视，并亲自派来最信任的太监王承恩，赶在成立的当天咨议局的当天出现，宣布了一道旨意。
什么意思呢？省一级的咨议局成员，赐举人出身，府一级的咨议局成员，可纳捐为监生，县一级的咨议局成员，则赐进士出身。这道旨意下来后，别说整个江南了，整个大明都哑口无言。皇帝这是要干啥啊？如此的一意孤行？更为意外的是，整个大明官场，集体失声。
这是一次真正意义上动摇大明读书人绝对地位的事件，商人在这个事件发生后，社会地位得到了极大的提升。这个举动，说明了朱由检在长期依赖文臣治理天下，却毫无一点成效的前提下，做出了一个大胆的尝试。如果没有陈燮这个人物的出现，朱由检是不会这么做，也不敢这么做。陈燮这个人物，带给朱由检的不仅仅是一个稳定的大局，还有大明朝万世不易的希望。看见这个希望之后，朱由检自然敢于下注，要做一个千古一帝。
崇祯十六年底，朱由检面临的国内局势，已经发生了巨大的转变。天灾还在肆虐，但是得到了有利的财政支持后，赈济的工作在进行，大明的百姓只要有口吃的。就不会造反。军事方面，孙传庭已经完成了驱赶的任务，逃亡木邦的张献忠、罗汝才等辈，兵力不足五千人，辎重丢的一干二净。根本就成不了气候了。这时候只要大明自己不犯错，那就没有太大的问题。朱由检做出了一个决定，马祥麟为云南总兵，镇守边境，以防张献忠杀回头。其余各部，陆续返回京师。自百战精兵中挑选25岁以下精锐，充入新军之中，取代过去的京营。原先带兵的勋贵，必将慢慢的退出军队中，成为大明朝真正意义上混吃等死之辈。
这个时候。朱由检把朱慈烺送到陈燮身边的目的，才算是图穷匕见。大明官场已经彻底的看清楚了，这不是一代皇帝的意思，而是要把这个意思贯彻到两代甚至更多代皇帝的心中。大明朝的变革，迎来了一个由不得你变还是不变的时代。一个以陈燮为未来大明外朝中坚核心的构图，清晰的摆在每一个人的面前。皇帝或者会短寿，但是陈燮在家伙，现在看上去也就是三十不到的样子。怎么看都是能活很久的货色。
一边在高度肯定咨议局，一边朱由检又颁布了一道诏令，让内阁重新审议考成法。把咨议局监督作为一个打分标准，结合京查一起，新编出一个考成法来，交给皇帝审议。什意思呢？就是让内阁领衔，把考成法拿出来，京查之外。搞一个咨议局监督打分的机制，作为官员是否能得到升迁的标准。这一招真是太狠了。对于官员来说，真是无法忍受的一件事情。被同类监督就算了。那些咨议局算得什么？就在百官跃跃欲试，摩拳擦掌的准备着，只要有人站出来挑头，就跟着一起上的时候。江南传来了另外一股风暴，立刻把大家的吸引力抓住了，新的考成法这个东西，居然不是主要话题了。
这顾风暴是怎么回事呢？起因还是《明报》这份媒体引发的，十月底，一篇文章在明报的头版刊发。名曰：格物致知，实践是检验真理的唯一标准。这篇文章，署名为陈燮，也就是说陈燮撸袖子赤膊上阵了。
文章的内容就一个，什么才是格物致知的正确解释，给出的答案很简单，实践是检验真理的唯一标准。格物致知的最初意思，不是什么后来大儒们解释的那种，而是另外一个意思。通过格物，解释这个世界上看见的一切事情的道理，这才叫格物致知。那么，怎么才能得出这个结论呢？单纯的空想，根本就不解决问题，甚至会发生歪曲圣人言论的现象，并且严重的误导后人。世间万物，表象背后，都有其必然的道理，通过格物，去找这个道理，掌握其中的道理和规律，这才叫格物致知。
这篇文章出现之后，整个文人阶层出离愤怒了。以前陈燮在其他领域搞风搞雨，大家忍一忍也就算了。这一次，是在他们自以为绝对统治的领域来指手画脚了。居然敢于颠覆圣人，敢于颠覆先贤，这个怎么忍？
南京国子监、太学，这两个地方数百学生在报纸刊登的当天，就站了出来，堵在陈燮的家门口。一定要陈燮给个说法，他们高呼“为往圣继绝学”“圣人先贤不容亵渎”的口号，浩浩荡荡的在陈家大门外一百多米外带着，死活都不肯走。甚至有人直接在原地竖一块牌子，上书：不道歉，宁饿死。言下之意，就是要用绝食的方式，抗争陈燮这个三省总督的不当言行。他们倒是不敢继续往前走了，因为士兵在路上列队，刺刀对着他们，大有再往前走，就捅过去的意思。