葡萄牙人选择了投降，这座号称远东海边第一坚城的城市，在明军优势兵力猛攻之下，在两日之内沦陷，成为了明军的战利品。
葡萄牙人应该是后悔得吐血，悔不该听荷兰人教唆，以致激怒了明帝国，失去了他们最重要的贸易重镇。
马六甲由于其紧扼马六甲海峡，自古以来即是兵家必争之地，从葡萄牙人、荷兰人、英国人到后来的日本人均统治过这个控扼太平洋和印度洋的咽喉。即使现在马六甲也是世界各国争夺的焦点，尤其是马六甲海峡控制着大明、日本和朝鲜的资源要道，即使是后来，也是世界十大黄金水道，控制了这里，让他们获得了地区的霸权，获得了惊人的利润，现在这一切成为了过眼云烟。
庞大的舰队，浩浩荡荡的开进宽广的麻河河口，北岸沿河是郁郁葱葱的密林，南岸可见雄伟的城堡，一间面对麻河的高高尖顶教堂，河旁还有海港局，高大的雨树，欧式的砖屋，贵族的庄园，有围栏，有整齐的树木。这城堡、教堂、欧式砖屋等显示，在马六甲的葡萄牙驻军、商人和教徒人数不少。
不过现在他的驻军，过半被果阿总督抽调，前去攻打吕宋国，现在剩下的，大多战死，一部分向明军投降，往日风景如画的马六甲城浓烟滚滚，成为了一片残桓断壁，街上巡逻驻守的，是一队队的明军。
明军披着板甲，手持火枪，刺刀寒光闪闪的，给人以极大的威摄。
从1511年7月24日葡军对马六甲发动第一次总攻，到8月10日末代苏丹马哈茂德带着家眷和财宝逃跑，马六甲由于经济繁荣长期缺乏战争的经验，不到一个月就亡国了。马六甲的苏丹王、贵族、乌里马、传教士、商人、工匠、士兵、海员水手们，逃亡分散到北大年、柔佛、亚齐、苏拉巴亚、文莱等地，因为这些原本就是***教徒马六甲臣民，刺激了各地的港市国家的兴建。这些港市国家各别拥有三万到五万人不等的人口。
苏丹王在败走后的十五年期间，并未曾放弃夺回马六甲的念头，也不断地派出军队进攻马六甲，葡萄牙人也持续给予还击。因为苏丹王所领的马来人，一直都是葡萄牙人在马六甲的威胁，于是葡萄牙人主动出击，追杀苏丹，但是都被马来人打了回来。
后来葡萄牙人有了从印度来的舰队支援，不但攻陷了孟加拉国，接着进攻苏丹王控制地区，苏丹王也见向大明求救无效，于是死心，再也终于不再派兵侵扰葡萄牙人的马六甲。
马六甲苏丹王国的灭亡并不意味着马六甲作为港口的衰落，马六甲对于葡萄牙人的战略布局来讲，非常重要，为了防止马六甲王朝的残余势力反攻，葡萄牙人在圣保罗山下开始修建城堡，他们改建了苏丹王宫、拆毁了清真寺和历代马六甲国王的陵墓，依山傍海用石块搭建起塔楼和防御城墙，1512年1月竣工。据说在建造之时所有的石块都采自爪哇海底的陨石，并以葡萄牙保护神的名字命名为法摩沙堡，意思是精美之城。
城墙厚达三米，墙内设有城楼和炮台。号称“东南亚最大和最坚固的堡垒”，以保护自己的臣民和香料贸易，葡萄牙人要让马六甲繁荣成重要的商业贸易中心，以符合葡萄牙人在东方的利益。
抢人者人亦抢之，现在马六甲城又落入了东方人之手。
郑芝龙命令部队进城，肃清残敌，整理治安，最重要的还是接收葡萄牙人的财产，当年葡萄牙人占领此地，这可是纵兵大掠，还进行了屠城，但是郑芝龙没有这么干，不过将敌人的财产收为国有则是必须的。
葡萄牙人驻马六甲城的副总督伊利亚被押至了郑芝龙面前，他是目前葡萄牙人的最高长官，他向郑芝龙提出了严正的抗议，他大声道：“明人无故攻打我马六甲，这是违反两国邦交，有失礼仪之邦的风范。”
如果是别的将领和官员，一定会和他讨论一番，这应该怎么怎的，但是郑芝龙海盗出身，干惯了打家劫舍的勾当，他说道：“马六甲是你们从马来人手上抢来的，凭什么我们不能抢你的？”
伊利亚道：“马六甲苏丹乃一野蛮人，他们扣留我们商船在先，才招来我们的报复，这是正义的行为？”
郑芝龙道：“随后的洗劫和屠城也是？兄弟们准备好刀子和口袋，准备洗城。”
伊利亚大惊失色……
郑芝龙冷冷道：“我们这是完全的效仿你们，你们怎么干，我们就怎么干，不管你们高兴与否，爷就是干了。”
伊利亚只觉得眼前一片灰暗，完蛋了，一切完蛋了。
他们的东方贸易，其实是倚仗船坚炮利，跑去抢，支撑这理论的，其实是强盗逻辑，侵略主义。
不过，抢人家的，不劳而获，肯定很爽，但人家抢你的，这就肯定不爽了，伊利亚看见郑芝龙下令，收归葡萄牙人一切财产，所有葡人贬为奴隶，他抗议无效，愤然自杀。
马六甲海峡第一重镇，马六甲城，落入了明军黑水舰队控制之中，郑芝龙并没有急于抢劫，而是下令布防，修筑阵地和炮台，以准备迎接葡萄牙人可能的反扑。