两月之后，一个千人队的官军携带从征的两千土着向南进发。
而紧跟在他们后面的，是近百工匠和数千汉民。这些人遇山开路，遇水搭桥，整修道路，使道路变的更加便利。
三千士卒在中部受到了大肚番王的热情接待，随行官吏也送给大肚番王许多礼物。而大肚番王也正式接受了侯方域的册封，被任命为大肚土司，统治台湾中部的诸多部落。
官军没有和大肚番王合兵一起，而是选定距其领地南部五十里开外的云林建立新城。那里处于北水溪的上游，距离荷夷所修的热兰遮城不过二百里的距离。将其建成新城，使之成为进攻荷夷的前沿阵地。
荷兰人很快发现了台湾驻军的目的。
经商议之后，他们决定派出二百荷夷兵卒，以及近千仆从兵主动出击。虽然他们有更好的火炮和火枪，但台湾军也选择凭险坚守。而荷夷人少，在遭遇一定损失之后，再也坚持不下去了，主动退了回去。
而同时，大明福建总兵郑芝龙派遣手下大将施福进驻台湾对面的金门，在基隆港的周显船队也不断出现在澎湖周边。
这让台湾的荷夷总督十分担心。他一边收拢兵力，退进热兰遮城和赤嵌城，整军备战。一边派人返回巴达维亚，请求支援。
其次，他还派出使者前往福建，欲要改变郑芝龙对他们的态度。而对当地的土着，他们也一改之前的轻视态度，通过各种方式拉拢。
与荷夷相同，侯方域也积极备战。