面对袁宗第的逼迫，武大定和孙守法坚持避其锋芒。曹变蛟虽是名义上的主帅，但其手中兵力不多，最后也只能听之任之。
他们原本在秦州，然后一路向西，直退到兰州。在当地，曹变蛟收纳了当地的一部分卫所兵。并在他的指挥下，击败了当地的数股有势力的马贼。
甘州、兰州民风自古剽悍，讲究强者为王。把他们打服了，自会有人主动来投。
在不算长的一段时间内，曹变蛟便收降了近万人，而且近半为骑兵。他突然感觉在这里或许大有可为，而有了士卒在手，他也逐渐压服了武大定和孙守法。
但很快，豪格所率的清军从嘉峪关方向杀入，张掖、永昌、西宁等地一扫而过，直逼曹变蛟所在的兰州。
曹变蛟知道靠自己目前的兵力，肯定不能敌。就让武大定和孙守法率领所有步卒紧急向南，撤向陇西。那里有乌鼠山、五竹山、首阳山三山环卫，又有首阳关，渭水两个险塞，地势险要，易守难攻。即使最终挡不住清军，但坚守一段时间应该没有什么大的问题。
在两人率部先行离开后，曹变蛟也率剩余骑兵撤离了兰州。他在浩尾河一线设下埋伏，一举歼灭了数百清军先锋骑兵，然后引着清军到了固原、六盘山一带。他这是想以自身为饵，将祸端引向闯军那里。
京城陷落，崇祯帝自缢殉国，太子朱慈烺南逃，北地已不归大明所有。
事情的结果没有太出乎曹变蛟的预料，但时间上快了很多。好在太子朱慈烺逃脱，大明仍旧还在。
周显的突然叛明自立，使曹变蛟感到纳闷和不解。经过这些年的历练，曹变蛟早非当日的莽撞小子。但他一直以将自居，不愿过多参与这些事情。等确定朱慈烺去了南京，他没有片刻犹豫，直接派人前去南京表明效忠之意。
既然效忠于明，那闯军自然依旧是他曹变蛟的敌人。若是能让清军和闯军拼的两败俱伤，那他或许还有可能重新夺取三边，甚至整个陕西。
但很快，曹变蛟发现自己错了。
李自成攻取陕西之后率闯军主力进军京师，让袁宗第留守陕西。虽然留下的闯军有近五万之众，还得到新归附的陕西本地土寇数万之众，总兵力接近十万。但闯军精锐都被李自成带去京师，袁宗第手中可堪战者只有他的嫡系人马六千余众。
而清军却有包括三万余清军精锐在内的十万之众，他们一路攻城掠地，势不可挡。曹变蛟想让清军和闯军拼的你死我活的场景没有出现，反而是清军对闯军形成了完全的碾杀。他轻忽了侵入清军的实力，而高估了留守陕西闯军的真实战力。
等到后来，曹变蛟大部分时候都在帮着袁宗第抵御清军。但随着西安的陷落，袁宗第率部撤向河南，曹变蛟变的独木难支。他先是撤向陇南，再撤向汉中。毕竟四川还在明军手里，而汉中则是四川的门户。
在明末，一直流传着一句话“天下王府，惟蜀府最富”。
曹变蛟现在是缺粮缺饷，缺兵缺甲，什么都缺。他移兵汉中，就想着依靠蜀王的财富招兵买马，将来再举兵杀入陕西。