张名振对黄斌卿手下军队的情况早就有所了解，他让韩括的四千水卒隐藏于商船里，冒充前往福建的商户，分批前往舟山海域。然后选定了一个海浪最急的夜晚，聚集之后，偷偷在黄斌卿主力所在的舟山岛上岸。
长期当惯了海上霸王的黄斌卿没有丝毫防备，等手下士卒上报之时，他还以为是哪支不长眼的海盗。只让手下将领率部前去抵挡，而他继续睡觉，甚至没有将情况告知更多的人。等士卒再次禀告，他意识到情况的严重性后，却已经被官军直接堵了营门。内外断绝，黄斌卿出不去，外面的士卒进不去。
张名振持锦衣卫腰牌上前，拦截前来增援的岛上兵卒，大声宣告他的十大罪状并言明这是黄斌卿一人之罪，和旁人无关。韩括派人紧急强攻，最终揪出黄斌卿，斩杀于阵前。一时诸军肃然，纷纷放下武器。
天明时分，韩括又命人持黄斌卿的头颅招降周边诸岛。除了部分黄斌卿的亲信乘船逃走外，大部分兵将都派人来舟山岛表示归顺。
在如何处置那些降将上，韩括和张名振意见并不一致。在登岛的军队中，韩括占据明显的优势。但论对黄斌卿手下兵将的清楚情况，张名振则知道更多。韩括的意思是将黄斌卿手下的全部将领押解回南京，重新任命新的将领以掌控他们。但张名振想利用黄斌卿手下的将领获取更多的权力。
张名振趁着岛上人心浮动，利用他锦衣卫的身份，招揽了大部分岛上将领。而韩括则靠着手中强势的兵力，吞并了岛上的很多士卒。两者间虽然没有直接的冲突，但相互之间的不满却已经摆在了明面上。
最后还是陈子龙居中调停。张名振可以带走岛上愿意跟从他的所有兵将，但舟山岛要交给韩括。岛北的岱山岛、嵊泗岛等岛也归韩括掌控，而岛南的桃花岛和朱家尖岛留给张名振用以驻兵。
岛上的俘获的辎重、船只一分为二，平均分给两军。但钱粮却集中使用，用以迁移江北的百姓到岛上屯田。
实际上，两者的矛盾没持续多久。扬州惨败，南京众官惊恐万分，听闻收复舟山后，便下令韩括、张名振等率部前往镇江前线。韩括得周显之令，以各种理由推脱。而张名振则志向远大，认为这是自己一飞腾天的机会，积极响应。
最后的结果是，韩括将原先归属于黄斌卿的大部分将士都交给了张名振。并提供给其一部分粮草和辎重，让其前往镇江。而张名振则将分给他的几个岛屿全部交还给了韩括。这对于两方来说，都是个双赢的局面。
实际上，不久之后，史可法便上书表张名振为副将。而陈子龙则因功升任都指挥使，驻扎于舟山定海。虽然并非完全意义上的军职，但基本上也算接管了黄斌卿原有的权力。对于功劳最大的韩括没有任何封赏，反而让他立即回兵崇明，侧面牵制刘文秀。