下设内务院——负责内务管理
外务院——负责外务管理
统筹院——负责冥界各行政机关之间一切协调统筹事宜
5、冥捕——特殊编制（与各司最高长官同级），直属冥帝管辖，专司寻找并收服游离于人界的孤魂野鬼并负责调查人界的特殊变故
各院最高长官均为副使，其下各有判官、提典等文职官员
三、冥界主要资源分布
1、冥阴寒气——主要供亡灵凝体成形并获得最初的灵力，存在于往生地狱
2、冥河冰晶——仙、魔、妖界度劫必备之异宝，由冥阴寒气经过亿万年凝聚结晶生成。绝大多数存在于极乐地狱，仅少部分分布在焚心地狱的偏远地带
其他诸如涤心琼浆、伐灵草、寒浆果、赤精、定风雾、血岩等资源，一部分是冥界修炼者所独有，还有一部分蕴藏在冥界灵兽体内或分布在适合其生长的特殊地点，故没有一定的分布规律。
四、冥界特殊生物
1、冥阴流——由再次度劫未成的仙、魔、妖的元神以及鬼魂灵体被净灭后残留的灵气汇聚而成，无自我意识，漩涡状、具强大的吸引力、仅存于冥河（包裹在整个冥界外部的一条河流）之中。
2、蓝魄——蓝色鱼状生物，群居，数量极多，可在冥界各层生存，但通常只在冥河之中活动，除自身物理攻击外，还可牵引冥阴流发动攻击，合体后威力更为强大。
3、冥蛇——出生时双头一身，幼年时双头互相攻击，直至一方被吞噬后结茧，破茧后化为巨蟒，蛇身、长牙、无足，除自身物理攻击外，还可喷射腐蚀性酸液攻击，生活在冥阴寒气中。
4、冰龙——冥界亿万年由冥河冰晶孕育出的强大生物（小捣蛋本体），通灵变化无所不能，是冥界所独有的智慧接近于人类的生物。
5、妖兽——由度劫未成的妖界中人的元神所化，性情凶猛残暴，不易驯服，以吞噬鬼魂灵体、其他种族的元神为生，数量、种类极多，不受冥界管束，像人界的野兽一样出没于冥界的密林、晶体山谷之中。
6、其他
五、冥界防卫部队及其编制统属
1、冥界正规军（冥军）——由四大冥帅统领，分地、火、水、风四系，直属冥帝指挥，负责冥界边境的防卫和与其他各界的战争、对抗。
赤阳——四大冥帅之首，火系部队统帅，麾下霹雳、烈焰、炽锦、雄炎四大冥将
夜叉——四大冥帅之一，土系部队统帅，麾下厚土、青岩、黄沙、玄石四大冥将
孟婆——四大冥帅之一，水系部队统帅，麾下沧浪、激流、冰川、清溪四大冥将
无常——四大冥帅之一，风系部队统帅，麾下龙卷、紫烟、除云、摆柳四大冥将
冥军由冥帅、地火水风四系冥将、副将、统领、中军等武职官员分级指挥
2、冥界地方部队（鬼卒）——隶属镇狱司，由各层的镇狱使指挥，归各层冥王统属，负责冥界内部的防卫和治安，相当于人界的警察部队，不参与各界之间的争斗。
鬼卒由镇狱使、治安、稽查、雷霆三副使、副将、统领、中军等武职官员分级指挥
冥军和鬼卒隶属不同的指挥系统，它们之间互不统属，但有时会相互配合协调。
冥军与鬼卒之间、冥界防卫部队与地方行政机关之间由于统属、权力和利益分配等问题，存在着较大的矛盾和冲突。