也就是说，在遭遇异形后，帝*的军官们只把这当作一次小型危机处理。：．．／他们意识到了部分的危险，派出了大量风暴步兵去搜索全船，杀死所有他们能够找到的异形个体。为了做到这点，他们还封锁了所有次要房间，将船上的几个所有非战斗人员都锁在了自己目前所在的舱室里。
这是标准的疾病防控和应对未知危险生物的应急方案，旨在最大程度的避免新的感染者出现，用专业的战斗人员消灭所有潜在的感染源，达到保护全舰的目的。
但是这些帝*的指挥官并不知道，眼前的混乱场面只是问题的表象。趁着这阵混乱的机会，躲在底层舱室的士官长他们却神不知鬼不觉的攻到了剑桥和通讯部门所在的舱室。
科塔娜也如同上次一样，在一队探险队队员的帮助下渗透到了维生系统的控制室，取得了船上部分关键系统的控制权，并开始准备投放催眠毒气。随后就像是之前攻击第一艘歼星舰时一样，他们协调着进度，同时开始了打击。
突如其来的打击将把敌人们吓了一跳，尤其是舰桥里的军官们。还没等他们来得及反应过来，全船就笼罩在了催眠毒气和大量机器人的攻击之下。和之前一样，多数船员第一时间被毒气放倒。
但是和上一次夺船不一样，这次帝*的战斗人员抵抗的时间非常长。尽管投入了大量的机器人分割包围位于不同区域的帝*战士，但是由于敌人活力非常猛烈，最终，探险队还是花了接近4个小时的时间才肃清全船的抵抗。
在这期间，近万台武装机器人被摧毁，数百台泰坦机甲被不同程度的损坏。参与战斗的这个大队的探险队队员里也有十几人不同程度的受伤。
他们好不容易夺取的歼星舰里有多道线路和管道损坏。多个区域的舱室完全变形。而且在战后统计战果时，一个意外的发现引起了他们的注意，有几只本应守在7号反应堆附近的异形不见了踪影！
而他们之所以能这么快发现是因为这次行动中的所有异形个体都是后方的科研组在培养槽里制造出来的二代基因标记型的异形。它们在还是胚胎的时候被注入了一组用于定位的外源基因。
拥有这组基因不会改变异形的外在特征和习性。只会让它们在行动时留下少量可追踪的化学信息素。科研人员最初是用这种方法研究异形的运动习性，追踪并试图驯化他们。并曾一度取得一些成果。
在这次行动的现场，这些遗留的信息素则被作为一种追踪手段，确保异形们不会跑的找不到影子。所有探险队队员的护甲上都有内置设备能够追踪这种独特的信息素。
在检查战场的时候，一个火力小组发现其中几只异形遗留的信息素足记出现异常，等他们追过去时发现一个隐蔽的副空港里少了一架穿梭机。在得知这一消息后，士官长立即开始调查这个问题。经过初步的分析，他们基本确定了事情的经过。
原来这艘帝级歼星舰在一个月前经过一次规模不大的改造，新建了一个用于要员转移的隐蔽小空港。平日里里面停着一架“兰姆达”级穿梭机。
由于是新进的改造项目，所以这项工程没有被记录在舰载的数据库中。这个隐蔽的小空港也没有任何监控系统，所以之前入侵系统的科塔娜也没有发现这里。
之前探险队和船上的帝*交火强度和持续时间都超出预计，没有余力关注这种地带，这让其中几只本应该吸引帝*注意的异形抓住了空子。
它们一开始是运气好发现的这个小空港，作为一种有着极高智慧的猎食者，那几只异形不仅和其他同类一样能听懂人言，更是在被试验期间学到了一些欺瞒人类的方法。
异形的生长速度远远高于人类，虽然从探险队捕获第一批异形并开始研究还不到两年，但是在这期间出生的异形已经有十几代之多。异形们的智慧在人类的影响下进化极快。
它们很到就学会了人类研究者的语言并意识到捕获自己的这批人类和以前的人类都不一样。它们以前遇到的人类虽然看起来差不多。但是组织度远远低于现在这批。
经过一整代的学习，异形们知道了控制它们种族命运的这群人类隶属于一个叫做时空议会的组织，并很快意识到无论它们如何努力都无法通过蛮力逃脱这个组织建设的牢笼。
随后的几代异形都在试图找到自己所在的科研空间站的安全漏洞并逃脱。但是全部失败。在那之后，新生代的异形们改变了策略，为了生存，它们开始迎合那些只通过全息影像出现在自己面前的人类。
经过几代异形的努力配合，终于有部分科学家认为他们已经找到了驯化异形的方法并做了很多激进的生物实验。异形们为了获取以后的自由和进化都非常配合这些实验。