休斯在上任不久之后，向教皇提出了三个建议。
第一，把一万名狂信徒改造为级战士，还需要两个多月的时间，加上军事训练，三个月才能开展对塞内赫公国的全面进攻，但是在此之前，还是应当做一些瓦解敌人的工作。霍布森侯爵及其手下的一万精兵，才是帝国最可怕的敌人，必须采取手段极力笼络，同时离间他和阿利克公爵的关系，对霍布森大加赏赐，派地区主教到他的府邸频繁走动，引阿利克大公的猜忌。
第二，重新重用一些教会摒弃的人才。在取缔皇族之后，原来那些管理行政和商业的人才，都被教会派人取代，但是教会在管理国家方面，显然没有这些人有经验，只有让这批精英为教会效力，国家才能繁荣富裕。
第三，增加所有外埠商会的税收，在经济方面给予有效地打击，同时增加国库收入，扶植本帝国的商会，让他们逐渐占据主导地位，摆脱对托比商会的过度依赖。
哈利法克斯非常高兴，觉得休斯真是个人才，并批准了他的三项建议。
休斯可谓踌躇满志，不仅为教会的全局尽心费力，对于自己下辖的裁判总所，更是绞尽脑汁，要把他办成一个高效恐怖的机构。在休斯看来，现在的裁判总所，拥有巨大的资源，拥有至高的地位，却还不如一个刺客公会有用，有很多东西，早应该向刺客公会学习学习。
休斯是一种快刀斩乱麻的性格，他一把火把裁判所里所有的卷宗烧掉，宣布任何人在他的眼中都是清白的，都是拥护教会的，那些沉积的旧案都不必再耗费人力去调查，而是从今天开始，现什么异常，就立刻处置相关人员，一刻不得容缓，一个也不能放过。
裁判总所被重新规划，分为四大机构，分别是情报所，调查所，审判所和执行所。休斯要像暗影公会那样，利用教会的分会，打造遍布全国的眼线，掌握第一手情报，而不是依靠别人。调查所和审判所也新招了十几名学者和地方上有经验的查案官员，来提高办案的整体能力，促使执法更加有理有据。执行所全部都是六级以上的强者，包括一批刚刚重金聘用的刺客，除了进行日常执法之外，必要时还要进行斩行动。
裁判所开展的第一件调查工作，就是肃清整个教会的内部人员。休斯认为，教会内部一定存在着一些潜藏的异教徒，一些企图对教会不利的势力，否则前一段时间，就不会屡屡泄密，甚至连裁判所的通讯人员都被暗杀，揪出这些教会内部的蛀虫，是当务之急的事情。
除了教皇，所有人都必须接受裁判总所的审问和调查，而那些以前人们忽视的仆人们，这一次也没有放过。休斯没有给任何人面子，连祭司院也没有放过，凯特大祭司为此十分不满，跑到教皇那里告状，不仅没有得到庇护，还被哈利法克斯狠狠批了一顿。教皇让凯特配合调查的同时，也让他效仿休斯，改一改祭司院那些元老们的旧习，现在的教会，再也不是数百年来那个腐朽堕落的教会。