我是高中生侦探工藤新一，当我和青梅竹马的同学毛利兰去游乐园时，目击了黑衣人可疑的交易现场，当时我只顾着偷窥，不对，是偷看。却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那个男人强灌了药物，等我醒来时……
我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。为了搜集那些家伙的情报，便住进了其父亲以侦探为业的小兰家中。
虽然还没有查到黑衣人的真正面目，不过，赌上侦探之名，我一定要跟他们做个了结。身体虽变小，但头脑一样灵活，任何难题都能解开的名侦探！
我坚信，真相永远只有一个！
可是，现在却有一个神秘的人出现在我面前，他叫目暮星辰，是我的同班同学，也是目暮警官的独生子。
我曾拜托阿笠博士偷偷调查过他，如果不是有着完整的背景资料，我绝对有理由怀疑他和我一样，是喝下药物变小的成年人。
在美术馆杀人事件发生后，我找到他，希望他能给我个交代，结果却收到他下达的战书。
我一直认为所有的罪犯都应该受到法律的制裁，无论拥有多么充足的理由，我们都无权剥夺他人的生命。但是目暮星辰这个家伙却要帮助真凶掩饰罪行。
我承认，有些人是值得同情，但是任何人都不能代替法律作出判决，既然你要贯彻你的信念，那我也要坚持我的意志。
来吧！我接受你的挑战，看看谁能更早的找出真相。
……
一周前，毛利叔叔收到一封由剪报做成的匿名信件。
“下一个满月的夜晚，在月影岛上将会再次开始有影子消失，请你调查原因。麻生圭二。”
如果是以前，在温饱线上苦苦挣扎，经常好几个星期接不到一起委托的毛利叔叔必然会第一时间赶过去。但自从我帮他破了几起案件，使得叔叔在圈内拥有了一定的知名度，所以现在他可以挑选自己喜欢的案件去侦察。
原本接到匿名信的毛利叔叔也没当回事，他准备在周末去看冲野洋子演唱会，但一个神秘的电话改变了他的主意。
男人沙哑的嗓音从听筒里传出：“距离满月还有两天，手续费50万円已经全部都会进去了，你一定要来。”
“等……等一下，你到底是谁？”
“月影岛的麻生圭二。”
说完，电话就挂了。
我曾经对叔叔说过，应该在电话上装个来电显示器，这样可以查到电话的来源地，可是叔叔却宁可用这点钱多买几瓶啤酒。
和他相比，我拥有许多阿笠博士特制的道具。
工欲善其事，必先利其器。难怪这么多年过去，我已经成为日本警察的救世主，而叔叔还只是个把案件引向迷宫的糊涂侦探。
此刻，我站在前往月影岛的船上，咸咸的海风吹打在脸上，对于一直住在大都市的我来说，能和心爱的小兰一起来这种乡下小岛，十分欣喜。如果没有毛利叔叔当电灯泡就更完美了。
毛利叔叔点了支烟，站在船头抱怨道：“真是的，明明就可以去赏花，为什么我名侦探毛利小五郎非要到那种小岛去不可！”