四年八月，李九成在吴桥自称都元帅，起兵作乱后，杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。
山东地方兵马，莫不能挡，以至于让贼军几尽入无人之地，叫嚣杀山东兵马，如杀草芥一半，情况愈紧急之后，登莱巡抚孙元化，急忙派遣总兵官张焘率登莱骑兵一千百，步军三千前去抵御。
又派已经调任南京担任右都督的，原援辽客军浙兵总兵官张可大，率马步兵两千余人协同平乱。
可是张焘的麾下，大多都是原东江镇的辽东人马，对叛军多抱有同乡同僚之情，在平乱接战的途中纷纷哗变，转身投入叛军的阵型，反过头来对张可大的浙江客军开战。
张可大野战失利，率余部千余人退守登莱，再也不敢出城野战。
又有同时在辽东东江镇旅顺副将陈有时，和广鹿岛毛文龙之子毛承禄同时起兵响应，企图建立一个辽东武人为主的王国。
李九成和孔有德起兵之后，本意是为了闹饷，但是开始时，并无反意，但是在吴桥等黄河以北地区长期等待时朝廷的招抚不果之后，遂开始回师登莱。
十二月二十二日，装缩头乌龟的山东巡抚余大可在叛军屠杀新城军民之后，在朝廷的严令之下，派中军道，沈廷谕、参将陶廷鑨率三千山东兵在阮城店与返回登莱的叛军决战，但由于山东兵马战备松弛，在决战中一败涂地。
结果叛军从此席卷山东，所向无敌。
登州城外，叛军主力云集，站在城头的登莱巡抚孙元化，和右都督张可大神情却没什么焦虑，就在方才，孔有德派军马三百入城乞降，似乎一切都得到了完美的解决，只要李九成和孔有德入城投降，孙元化即代表朝廷既往不咎，留原职听用。
“都准备好了吗？”城外辽东军营帐之中，都元帅李九成遥望城池，冷笑一眼。
孔有德心有成竹的说道，“但请放心，我内伏兵已到，另有守城中军参军耿仲明，陈光福乃我辽军内应，今夜一起动手，必能攻陷登州城。”
李九成往日受压迫久矣，颇有几分迫不及待的模样，“那便好，朝廷欺我等久矣，今日一并算总账也。”
“元帅所言甚是，”孔有德跟着附和一句，不过马上又道，“承蒙抚台不弃，当日与我等一条活路，今日破城，必不能加害，若好言相劝，让其一道统领咱们共举大事便行，切勿加害！”
话说孔有德身为叛军实质上的统帅，心中对孙元化当初收留和活命之恩，是心有感恩之情的，故而一再强调，破城之后，不得伤害孙元化。
“合该如此。”李九成也不在意，事实上整个辽东军针对的是朝廷的不公，而非登莱巡抚。
……
“破城矣，杀啊！”是夜，辽东叛军在城里内应的接应下，打开城门，一拥而入，守城的登莱地方兵马，顿时一哄而散，只有总兵官张可大，疑心李九成和孔有德的投降，遂率千余兵马防守水城，当叛军攻入登州城后，他引残兵拒守，誓不投降。
“孔有德，你。”孙元化是在自家的府邸里被人好生请出来的，可是即便如此，他见到叛军入城之后，被簇拥着过来的孔有德时，仍旧止不住的怒。
“恩抚莫忧，我等弟兄深受抚台厚恩，必不敢加害，”即便孔有德面皮再厚，在此人面前，仍旧止不住的面皮热，但还是恳求道，“今日我大军汇聚，声势浩大，占据登州，视朝廷兵马于无物，称王称侯不在话下，还请抚台出来率领咱们，一同共举大事。”
孙元化一听，顿时大怒，喝骂不止，但叫周围几个尽皆低下头来，任他喝骂。
“既然抚台不愿，我等几个也不敢造次，就听抚台大人在府邸歇息吧。”李九成见他无从贼之意，也不敢过分逼迫，遂行了个法子，将他困在府中，再从容计议。
是夜，辽东兵马攻克登州，得原属辽东旧人六七千之众，又有战马三千，饷银十数万，红衣大炮二十余门，西洋炮三百门，从此声势浩大，一不可收拾。
而朝廷却在此刻，是战是抚，徘徊不定，自去岁十二月将山东巡抚余大可下狱问罪之后，山东地界，已无兵马可调，也无人可用。
朝廷急令谢链为登莱巡抚，改山东左布政使徐从治为山东巡抚，总督二地平乱。