于是，市文管委、市规划局、区政府，各相关部门立即紧急协商。协商的关键，是要开发商在房产销售高峰期“让”出地皮，几乎所有的单位都做好了“攻坚”的准备。
令政府部门感动的是，开发商的文物保护意识非常强，表示愿意服从大局依法办事，就算没有一分钱补偿，也以遗址为重。同样令开发商没想到，有关部门不仅请来审计专家严格核算地价与相关投入，并且在多方论证后最终给予了开发商一定的补偿。
地块问题解决后，那剩下的就是开发和挖掘的问题了，为了寻找最好的建筑设计团队，有关部门在网上发布招标信息，国内外同时招标，众多海内外知名单位听取招标说明会，最终有8家单位9个方案参加投标。
当时参与这一工作的同志至今记得，专家评审会规模空前大、标准空前高，评议进行了一轮又一轮。一次关键性评审中，全国最顶尖的13名建筑、建设、文保、博物馆建设等领域专家，在s市市文管委的会议室里济济一堂，仔细审读着面前9份概念性设计方案。最后的结果出乎意料：没有一个方案被选中，项目流标。
第二次的招标依然竞争激烈，最终由蔡大师教授夺标。当时，他放下手头许多重要项目，全身心投入元代水闸遗址博物馆的建设：“我要在我的建筑生涯中，给s市留下点什么。”
博物馆建设的最高境界，是先形成陈列规划，再进行博物馆建造。
但因为许多客观原因的限制，元代水利遗址博物馆的建设过程，外观建造和陈列规划“同步”进行。
到了施工阶段，起初的设计，博物馆顶部设计为钢结构斜撑起两块巨型平面玻璃，以此表现水的流动。就在施工建设前，方案改成了阶梯状，用3000多块玻璃反映流水的波浪型。s市第四建筑公司项目部负责人说：“每一块玻璃片都不一样，每钻一个孔就要分毫不差，而且玻璃反光无法在白天定位施工，施工只能选在晚上进行。”外立面的2000多块石材也各不相同，共有20多个品种。
项目部负责人说：“我们接过无数个建筑工程，这个难度第一。”
他记得，施工过程中，每做一个决策、一次改动，讨论的过程经常争得面红耳赤，但最终达成共识后，又都是竭尽全力，精益求精，要让“作品”完美呈现。每位参与工程的新民工，除了进行施工安全教育和人身安全教育，还会接受考古专家的文物保护教育课。“专家们真敬业啊，他们把这些古迹看得跟自己的生命一样重。”施工队里的不少工人，开始尽管对文物的重要性不太了解，但也从专家们的“谨小慎微”中，感受到了文物的重要性。在陈列施工和建筑物施工过程中，文物先后被回填两次，专家们非常小心地在文物上盖上沙袋、搭建保护层，再铺设木板，把每块木头、每根木桩都拍下照片，回填打开后一个个角落进行核对，生怕弄错任何一个小细节。
一次施工中，驳岸垒砌的石块被碰了一下，稍稍有些歪，专家们立即通过照片和测量数据，丝毫不差地恢复原貌。“专家们经常对着我们喊，‘小心点，小心点，不要踩到’，其实在博物馆施工这么久，我们也对文物很有感情。”
据说，在施工期间，每个人都病倒了。“四五个在工地上骨折的，还有一位脑梗的。”
而目最令专家焦急的，还是地下渗水的问题。木桩所处的地表有地下水渗透，有专门人员在做抽水处理。专家们告诉记者，渗透的原因在于，s市地下结构复杂、地下水丰富，人工抽水不是长远之计，有人提出拔起木桩、将底部封闭后再回填的做法，也会伤了文物的元气。这个问题，直到现在尚未找到破解之道。