混元道人接过灵宝后当下炼化，不多时就祭炼完成，收发由心了。然后又见洞玄庆云上飞出两个人影，正是洞玄的另外两大分身——清元道人，浊元道人。两道人和混元道人略一见礼，就在一旁静候洞玄吩咐。洞玄心中又仔细算计，时时推演天机，好长时间之后才完善了计划。室内洞玄的本尊和三大三尸分身互望一眼，洞玄的计算众人就都明白在心。而后三大分身就出了内室，而洞玄本尊则继续在室内修炼。
毓玄宫中，三道人传讯招来慈航、阳成子、清瑶三大弟子和护岛大神勾浑道人，准备对众人传授洞玄的心意。
慈航众人来到毓玄宫大殿，见上首有三个道人端坐，看样貌与洞玄都有八九分相像，一时也不明所以，正要询问，就听中央那身着帝王锦袍的年轻人开口言道：“我三人乃是洞玄道友的三尸分身，与其一体，我为混元道人，”“我为浊元道人，”“我是清元道人。”众人听完后恍然大悟，皆是行礼问好，“见过混元老师，浊元老师，清元老师。”“恩，你等起身，”继续由混元道人说到：“洞玄道友闭关参悟圣人道果，所以以后由浊元道友和清元道友坐镇毓玄宫，每年开讲一次术法，每百年开讲一次大道，尔等皆可来听讲。”“尊老师法旨！”其后打发了众人，清元道人和浊元道人在毓玄宫找了间静室积累法力，混元道人则是出了清流岛，游历洪荒。
此后，将由混元道人代表洞玄游历洪荒，而混元道人的见闻也将传回闭关的洞玄之处，变为他的经验积累。这样既可以让洞玄把握洪荒大势，不至于因闭关错过洪荒大事，又能掩盖其混元大罗金仙的修为，留待日后谋划。
混元道人出了清流岛，首先就去了万寿山拜会了镇元子和红云，于他二人密谈一番，就出了五庄观，开始在洪荒游历。这一路行来，混元道人发现，妖族已经形成气候，占山为王，巫族也分布在洪荒大地各处，组建村寨，想来离天庭建立之日不远了。
果不其然，又千年后，帝俊聚妖起事，以三十三天发现的洞天为基，建立妖族天庭，号令天下万灵。天庭成立，祭拜天地这一日，帝俊邀请四方大神通之士前去观礼，洞玄自然也在邀请之列，不过洞玄闭关参悟鸿蒙紫气，由混元道人参加，此次混元道人正式出现在洪荒修士眼前，成为洞玄的代言人。天庭初立，尊帝俊为帝，太一为东皇，鲲鹏为万妖之师；又许下诸般好处，甚至帝俊愿让出妖教教主之位，拉拢女娲为娲皇，伏羲为羲皇，至此妖族天庭正式成立。
作为盘古后裔的巫祖自然不愿有人压在自己头上，从前三族争霸时他们尚在积累力量，此时力量积攒已经完成，所以天庭成立后巫族也祭拜盘古，成立族群，与妖族一较高下。洪荒就这么大，两族各占地盘聚拢气运，摩擦自是不可少的，终于九个元会后，双方在克制了又克制了之后，爆发大战。最后十二巫祖布下都天神煞大阵，险胜妖族，第一次巫妖大战落下帷幕。
可怜天地生灵因此遭劫，看着洪荒百族凋零，混元道人不住的感叹，正是“兴，百姓苦；亡，百姓苦！”继而又是一想，“怕是离人族出世不远了……”
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