吴中行等人被廷杖一事激起了一个人的愤慨，他就是年轻的万历五年新科进士、刑部观政邹元标。邹元标再次上疏，不仅反对夺情，还否定张居正的改革。邹元标的结局是可以预料：廷杖八十，发配极边卫所充军。神宗于是下令，再反对张居正留任的，一律处死。于是，这场震动朝野上下的“夺情”风波以新党的彻底胜利宣告结束，旧党官员大批挂冠离职，纷纷以身体衰弱或家人有故为名，请求休假或归隐。
张居正父丧“七七”(共四十九天)期满后，亲自入阁办事。神宗下诏考察京官，张居正借此排斥异己。在这次考察中，主张维持纲常名教的旧党官员统统被罢职了，旧党再次遭受重大打击。
此时的张居正，权势到达了顶峰。在参加了神宗皇帝的大婚盛典后，返回江陵老家葬父。张居正这次离京三个月，凡属重要文件，皇帝都派飞骑传送到江陵张宅，听凭张居正裁决。张居正此次回乡也是场面盛大，气势显赫。张居正的坐轿要32个轿夫扛抬，里面分起居室、寝室，还有两名书童在内伺候。随从的侍卫中还有一队鸟铳手，是张居正的亲信、蓟镇总兵戚继光派来的，鸟铳在当时还是很时髦的火器。张居正所过各地，地方官一律长跪迎送，沿途的藩王也出郊迎谒。
四、政治清算
张居正一直大权在握，渐渐长大的明神宗却闲得没事干。有一次，神宗喝醉了酒，无缘无故把两个小太监打得半死。皇太后知道后，马上拿来《汉书·霍光传》叫神宗读。西汉霍光辅政的时候，曾废掉过一个皇上。现在张居正的地位就像当年的霍光一样，神宗想到这里，吓得浑身哆嗦。后来张居正做主，把一些引诱神宗胡闹的太监全部赶走，太后还让张居正代神宗起草了罪己诏(皇帝责备自己的诏书)。这件事虽然过去了，但是明神宗对于张居正，渐渐从惧怕发展到怀恨了。
公元1582年，58岁的张居正终于没能抵得住死神的召唤，遗下他呕心沥血取得的改革成果和未竟的事业，溘然长逝。张居正的去世令新党为之震惊，旧党则私下额手相庆。神宗听到张居正病殁的消息后，下诏罢朝数日，并给予张居正最高规格的待遇：赐谥号文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，并遣官护丧，归葬江陵。
神宗亲政，原来对张居正不满的旧党大臣纷纷攻击张居正专横跋扈，张居正尸骨未寒，时局却已急剧逆转了。
清算张居正的运动是从铲除冯保开始的。张居正在世时，冯保与他串通一气，是后宫炙手可热的实权人物，极为嚣张，结怨甚多。张居正一死，冯保也就失去了靠山。司礼监太监张诚、张鲸开始拼命在神宗面前说冯保的坏话。无独有偶，山东道御史江东之、江西道御史李疏弹劾冯保的奏疏也相继出现。神宗于是下旨将冯保革职，发往南京闲住，并查抄家产。
宠宦冯保被打倒了，这给了旧党以极大的信心，纷纷上疏弹劾张居正。一时间，弹劾张居正劣迹的上疏如雪片般飞来，这使得张居正的形象在神宗的心中黯然失色。张居正总是对神宗说，做皇帝要节俭，但他自己的生活却极其奢侈，不仅积聚了许多珠玉珍玩、书画名迹，还蓄养了多位绝色佳人。而皇帝身为九五之尊，却被张居正限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上，等待以后有钱再兑现。想到这一切，神宗不能不感到伤心，进而感到耻辱，渐渐认为以前对于张居正的信任完全是一种错误。公元1583年，神宗下诏取消了张居正的封号和文忠公谥号，斥其子为民。
随之，协助张居正改革的新党官员，如吏部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、兵部尚书张学颜、刑部尚书潘季驯、工部尚书曾省吾、蓟镇总兵戚继光、宁远伯李成梁等人被认为与张居正结党，全被罢官。而早先因反对张居正改革或得罪张居正而遭惩处的旧党官员们，则被一一平反起复。
为了彻底消除张居正的影响，不让改革继续下去，旧党开始为张居正罗织罪名，有一种说法竟是指责张居正生前有谋反篡位的野心，而总兵戚继光的精锐部队就是政变的后盾。历来，皇帝最怕的就是谋反两字，神宗随即下令，把张居正的官爵全部撤掉，查抄家产。张居正的改革，当然也遭到了破坏。在北京派来的查抄大员还未到达江陵之时，早已闻讯的荆州府和江陵县的官员就把张府的大门封了。等查抄大员到达，打开门一看，发现张家已经有十余口人被活活饿死。张宅被查抄一空，张居正的长子自杀，次子充军。
围绕着张居正改革而展开的这场惊心动魄的新旧党争终于烟消云散了，明王朝在改革的基础上的确有振兴之势，但新旧党争的愈演愈烈，神宗的中途转变，改革终遭失败。（未完待续）